吉林财经大学从1946年建校之初的东北银行总行训练班开始开设思想政治课程，以提高学员的政治思想觉悟，树立革命人生观。1950年9月，学校前身东北银行专门学校宣告成立，教学机构设置中明确设置了马列教研室。1985年5月，吉林财贸学院时期设置了马列教研部。1992年5月，吉林财贸学院更名为长春税务学院，对教学机构进行了调整，教学机构设置了马列教研部和德育教研部。2007年3月，马列教研部获批马克思主义基本原理、思想政治教育两个二级学科硕士学位授予权。2010年3月，长春税务学院更名为吉林财经大学，学校成立了马克思主义学院。2011年3月，马克思主义理论获得一级学科硕士学位授予权。2012年，马克思主义理论获得省“十二五”优势特色重点立项建设学科；2018年，获得吉林省特色高水平学科“优势特色学科B类”建设单位；2020年，获得吉林财经大学“新兴学科建设项目”；同年，国家社科基金项目实现新的突破。

2020 年以来，学院教师荣获全国高校思想政治理论课展示活动二等奖，全国第五届、第六届高校青年教师教学竞赛三等奖，“我心中的思政课”全国高校大学生微电影大赛优秀奖；吉林省本科高校教师教学创新大赛一等奖、吉林省思政课“精彩一课”一等奖、吉林省优秀硕士学位论文指导教师等多项荣誉。思政课专任教师规模稳定在40人以上，高级专业技术职务占比50%以上，博士化率超过60%。专任教师中，有受聘吉林大学等博士研究生兼职指导教师、吉林省郑德荣式党的创新理论研讲团成员、吉林省高校思政课教学指导委员会委员、吉林省教育学会专家库成员、政协吉林省第十三届委员会社会和法制委员会委员、吉林省D类人才和E类人才等。每年硕士研究生招生规模稳定在30人左右。

学院院训“笃信 求是”。“笃信”，源自《论语·泰伯》“笃信好学，守死善道”。意思是马院师生要在马言马，言马信马，始终做马克思主义的坚定信仰者。“求是”，语出《汉书》“修学好古，实事求是” 。“求”追求、探究；“是”，真也，引申为真谛、规律、本质。“求是”即努力探索规律，追求真理。